Pamukçuk tedavisinde doğrudan mantar kolonilerini, yani beyaz alanları kaldırmaya yönelik girişimden kaçınılması gerekir. Çünkü bu tür girişimler mantarı uzaklaştırmaya yaramaz. Geride kalan üzeri soyulmuş kırmızı ve ağrılı yüzey mantarın daha kolay gelişebileceği bir ortam oluşturur. Sütçocuğunun ağzı mukozayı örselemeyecek biçimde günde birkaç kez ve en iyisi beslenmeden sonra mikrop öldürücü çözeltilerle temizlenmelidir. Kullanılabilecek çözeltiler arasında metilen mavisi ve borik asitin gliserindeki yüzde 1’lik çözeltisi sayılabilir. Bu tedaviye mantar öldürücü bir ilaçta eklenmelidir.

Tedavisi çok kolay olan pamukçuğun ağır ve tehlikeli durumlar yaratmasına fırsat tanımak gerçekten çok büyük bir hatadır.