ALİŞAR höyüğü, Yozgat'ın 45 km. güneydoğusunda bulunan Alişar köyünün 2,75 km. kuzeyinde yer alan ve 520 m. uzunluk, 950 m. genişlikte bir höyük. Burada, 1927-1932 yılları arasında Chicago Üniversitesi Şarkiyat enstitüsü adına E. Schmidt ve von der Osten kazı yapmışlar ve kazı sonucunda' buranın, Anadolu için tam kronoloji veren ve yol kavşağında bulunan önemli bir yerleşme yeri olduğunu tesbit etmişlerdir. Alişar höyüğü beş devrede incelenebilir: en alttaki Kalkolitik kat (M.Ö. 3200-2600), bataklık veya bir gölün ortasındaki tabiî yüksekliğe kurulmuş, zamanla tepenin çevresi kurudukça Höyüğün etekleri meydana gelmiştir. Burada, kerpiç duvarlı, dört köşe düz damlı evler ve döşemeleri altında da çukur, küp, taş veya ağaç sandıklara gömülmüş iskeletler bulunmuştur. Bu devrede yaşayan insanların altın, gümüş ve kurşunu kullandıklarını, hayvan yetiştirdiklerini ve ziraatı bildiklerini, dinî inançlara sahip olduklarını öğreniyoruz. Ayrıca koyu gri, siyah ve kırmızı renkli, bazıları ince bir işçilik gösteren küpler ve çizgi bezekli küçük kaplar, ayaklı meyvelikler, geometrik bezekli mühürler, taş ve kemik parçalar, figürinler de bulunmuştur.

Bu katı, Bakırçağı denilen ikinci kültür devri takip eder. Burası da bir iç kale (beş safhalı), bir de dış kaleden (iki safhalı) ibarettir ve bu kısımlar surla çevrilmiştir. Evler taş temel üzerine iki veya üç odalıdır ve kerpiçten yapılmıştır. Bazı odaların yalnız içi, bazılarının ise hem içi, hem de dışı sıvalıdır, ölüler gene döşeme altlarına, hediyeler ile birlikte çukur, küp veya taş sandıklarda gömülmüştür. Bakır, süs eşyalarından başka günlük eşya olarak da kullanılmağa başlar. Kırmızı renkli çanak çömlek çağın sonuna doğru koyu renklerle boyanmış ve geometrik bezeklerle süslenmiştir. Yine küp, yayvan kap ve çaydanlık şekilleri görülür. Heykele yakın figürinler başlar. Mezopotamya ve Anadolu ile ilişkiler kurulur. Hayvancılık ve buğday ekimi çoğalmıştır.

Üçüncü kültür çağı ise 3-3,5 m. kalınlığında ve boyalı çanak çömlek ile karakterlenen tunç çağıdır (M.Ö. 2200-2000). Bu devrede iç kaledeki iki yapı katı da yangınla sona eren, kalın temelli sağlam iki sur ile çevrilmiştir. Alt şehre dokunulmamıştır. Kısa ömürlü olan bu çağ, Bakırçağın bir devamı olup, yalnız açık zemine koyu renkli ve Kültepe tipindeki geometrik bezekli, boyalı kaplaı hariç, diğer âdet ve belgeler değişmemiştir.

Burası M.Ö. 2000-1500 yılları arasında büyük bir şehir haline gelmiştir. Alt şehir, Esr ki Hitit çağında bir sur ile kuvvetlendirilmiş, geniş kale kapıları ve yeraltı yolları yapılmıştır, iki yapı katı yer yer kuleler ile takviye edilmiş ve iç kaleden alt şehre inen caddenin iki tarafına evler yapılmıştır. Asurlu tüccarlara ait yazılı tabletler önemlidir, ölüler döşeme altlarına, çukur, küp ve sandıklara gömülmüştür. Madenden süs eşyaları, harp âletleri yapılmış, kemik âlet ve ağırşaklar bulunmuştur. İnsan, hayvan şekilli ve geometrik bezekli kaplar kullanılmıştır. Burası Büyük Hitit çağında (M.Ö. 1400-1200) önemini kaybetmiştir.

Beşinci çağ, Geç Hitit-Frig (M.Ö. 1200-700) kültürünü temsil eder. iç kale yeniden yapılmış, alt şehir ise önemsizdir. M.Ö. IX. yy. da iç kale yangın ile son bulur. Bu çağda iç kalede üstü açık genel bir meydan yapılmış, güney kapısı kapanarak kuzeydeki açılmış, surların dibine de plansız evler yapılmıştır. Üçüncü yapı katı tahkim edilmiştir. Parlak sır üstüne boyalı, insan, hayvan, bitki ve geometrik bezekli, tornada yapılmış kap kaçak yanında, bakır ve tunçtan ok ucu, fibula da ele geçmiştir. Höyük, kültür ve siyaset merkezi olmaktan uzak, ancak bir Frin derebeyinin müstahkem şatosu halindedir. Gâyurkalesi, Pazarlı ve Alacâhöyük'te de görülen bu iskân, ufak değişiklikler ile Lidya devrine kadar devam etmiştir.

Frigler'den sonra höyükte sıra ile Med, Pers hâkimiyetleri görülür. Hellenistik, Roma, Bizans, Selçuk ve Osmanlı devirlerinde az da olsa iskân edilmiştir.

Alişar höyüğünün eserleri, Ankara Arkeoloji müzesinde bulunmaktadır.